Третичная и четвертичная структура
Третичная структура глобулярных белков формируется спонтанно и поддерживается взаимодействиями между аминокислотными цепями, из которых они состоят.
Это компактная полусферическая форма, настолько компактная, что очень напоминает кристалл. Это определяется взаимодействиями, существующими между различными вторичными структурами, которые могут существовать в одной и той же полипептидной цепи.
Было установлено, что силы, поддерживающие взаимодействие между этими цепями, обычно имеют слабую природу, например ван-дер-ваальсовы взаимодействия между наиболее гидрофобными аминокислотами (аполярные связи) или водородные связи между наиболее гидрофильными аминокислотами (полярные связи). ).
Кроме того, многие глобулярные белки, особенно крупные, имеют разные «доли» или «домены», которые могут выполнять разные функции в одной и той же молекуле.
Аналогичным образом, некоторые глобулярные белки встречаются в природе в виде больших белковых комплексов, которые состоят из дискретных (отдельных) полипептидных цепей, также известных как подразделения, поэтому говорят, что они являются белками с четвертичной структурой.
Денатурация белка
Так долго мы добирались до четвертичной структуры, но теперь время все УНИЧТОЖИТЬ. Денатурация — это потеря функции белка, через разрушение его четвертичной, третичной и вторичной структуры. Но не первичной! Процесс может остановиться и раньше, не дойдя до первичной
Но самое важное — белок перестает работать. Это значит вот что: если у белка есть только третичная структура, то её потеря приведёт к потере функций
Тоже самое касается белков с четвертичной структурой.
Денатурирующие факторы делятся на физические и химические.
Физические факторы
У всех этих факторов общий механизм действия. Они вносят в систему дополнительное количество энергии. Это вызывает увеличение амплитуды колебательных движений фрагментов полипептидной цепи. Из-за этого рвутся слабые связи, стабилизирующие белковую молекулу — водородные, гидрофобные и Ван-дер-Вальсовы. Вот некоторые из этих факторов:
- Повышение температуры больше 42 градусов;
- Повышение давления;
- Ультрафиолетовое излучение;
- Рентгеновское излучение;
- Инфракрасное излучение (коротковолновое);
- Сверхчастотное излучение;
- Вибрация.
Химические факторы
Химические денатурирующие факторы различаются по механизму действия. Так что разбираемся с каждым отдельно. Представим, что мы рвём каждую связь:
1) Добавим кислоту или щелочь в раствор, где находится белок — произойдет изменение заряда некоторых аминокислот. Раз изменился заряд, то происходит разрушение водородных и ионных связей.
2) Детергенты — это вещества, у которых есть гидрофобные и гидрофильные участки. Если засунуть их внутрь молекулы, то гидрофобное взаимодействие нарушится. Примеры детергентов — фенолы, додецилсульфат.
3) С помощью тяжелых металлов мы порвем дисульфидные мостики в третичной структуре. Такими тяжелыми металлами будут: свинец, медь и ртуть.
4) Восстанавливающие агенты — восстанавливают дисульфидные связи. Смысл такой же, как и с тяжелыми металлами: разрушение дисульфидных мостиков. Пример — меркаптоэтанол.
5) Вещества, образующие водородные связи — мочевина. Это ужасная воровка, она перетягивает водородные связи с белка на себя.
Виды денатурирующих агентов. Все физические агенты не поместились.
Но, мы сказали, что это разрушает вторичную, третичную и четвертичную структуры, но не первичную. Она остается целой. А так как она отвечает за формирование всех остальных, то при удалении денатурирующего фактора белок может снова стать работоспособным, восстановив свою структуру. Это процесс называется ренативация белка. Для этого нужны определённые условия, но они не всегда достижимы в клетке. Поэтому для большинства белков денатурация — это необратимый процесс.
Структура БелкаСкачать
структура белка
До этого мы разбирали вторичные структуры изолированно, но представьте себе очень длинную полипептидную цепь. Не может же она вся закручиваться в альфа-спираль или становиться бета-складчатой. Хотя иногда и может, но об этом позднее. Чаще всего белок — это комбинация из альфа-спиралей, бета-тяжей и беспорядочных клубков. То есть может это выглядеть примерно вот-так.
Супервторичная структура белка
Поймите, что супервторичная структура белка не стоит выше, чем вторичная. Это просто название, которое неправильно отражает суть, поэтому оно мне не нравится. На западе используют другое название — структурные мотивы, оно намного лучше. Вот в чем его суть: хоть у нас огромное количество самых разных белков, но в них есть определенные повторяющиеся паттерны — это и есть мотивы. Наиболее частые из них: бета-тяж + альфа-спираль + бета-тяж (бета-альфа-бета петля); альфа-спираль + бета-поворот + альфа-спираль; бета-бочонок.
Структурные мотивы
Мотивов очень много, но думаю смысл понятен. Простые мотивы могут объединяться и образовывать мотивы посложнее.
Я использовал в иллюстрациях прошлые картинки, но помните, что эти альфа-спирали и бета-тяжи отличаются друг от друга аминокислотными остатками — они очень разные! Просто перерисовывать все это не хочется.
Первичная структура белка
Представляем себе огромную цепь, которая состоит из кучи звеньев. Такой же вид у первичной структуры белка — это просто полипептидная цепь, которая включает в себя аминокислоты. Их всего 20 штук. Но представьте себе сколько комбинаций можно сделать с этими 20 аминокислотами, соединяя их в разных последовательностях? Правильно, бесконечное множество.
Теперь посмотрим на молекулу поближе. Можно увидеть, что у этой большой молекулы есть свободная аминогруппа — N-конец, и свободная карбоксильная группа — C-конец. Молекулу всегда рисуют с N-конца и заканчивают C-концом.
Первичная структура белка
Все остальные аминокислоты связаны друг с другом связью. Сумма всех пептидных связей — это пептидный остов. В него не входят радикалы, N-концы и C-концы. Будет понятнее, если я нарисую всё в одну линию.
Пептидный остов в первичной структуре
Важный момент! Первичная структура определяет какими будет вторичная, третичная и четвертичная (если такая есть) структуры. Это как мини-ДНК для белковой молекулы. Но я об этом еще напомню, даже несколько раз, вот такая я зануда.
Глобулярные и волокнистые белки
Белковые ученые традиционно классифицируют белки по многим параметрам, но одним из самых важных является структура. Таким образом, в зависимости от принятой ими трехмерной структуры белки могут быть волокнистыми или глобулярными.
Волокнистые белки — это белки, которые имеют удлиненный вид, поскольку их пептидные цепи обычно параллельны друг другу. Эти белки выполняют множество функций, но наиболее важные из них связаны с клеточной структурой, поддержкой и биомеханикой.
Два классических примера волокнистых белков в организме человека и других животных: кератин и коллаген, которые участвуют в образовании волос и ногтей (первые) и кожи, костей и сухожилий (последние).
С другой стороны, глобулярные белки — это белки, которые имеют довольно округлую или сферическую трехмерную конформацию, поэтому они могут казаться немного более компактными и нерегулярными. Эти белки не участвуют напрямую в клеточной структуре, но они играют фундаментальную функциональную роль.
Примерами глобулярных белков являются белки с ферментативной активностью (ферменты), такие как гемоглобин, который участвует в транспортировке кислорода через кровь, и иммуноглобулины, которые работают на иммунную систему млекопитающих.
Четвертичная структура белка
Последняя, но самая большая! Не пугайтесь, только по размеру. Она есть не у всех белков, некоторые прекрасно работают в виде третичной структуры и не парятся. Но представьте, что мы возьмем несколько третичных структур и как соединим их вместе. Пусть их будет 4 штуки, берем 4 шарика и соединяем их. Получаем четвертичную, но не из-за того, что мы взяли 4 шарика….
Эти шарики комплементарны друг другу в участках связывания — не активный центр, но чем-то похоже. Таких участков связывания много, поэтому ошибиться и не узнать своего товарища очень трудно.
Каждая глобула, которую мы взяли — это отдельная полипептидная цепь. Прочитай это еще раз. До этого все касалось только одной полипептидной цепи, а теперь их несколько. Такая цепь называется мономером (или субъединицей), а при соединении мономеров образуется олигомер. Так что вся большая молекула — это олигомер.
Четвертичная структура белка
Какие связи все это стабилизируют? Чаще всего это водородные, ионные и Ван-дер-Вальсовы, так как каждый мономер прячет свои гидрофобные остатки вглубь молекулы, то они образуются редко. Получается, что четвертичную структуру стабилизируют силы слабого взаимодействия, ковалентных связей здесь почти никогда не бывает — очень редко могут быть дисульфидные. Поэтому можем спокойно забить на них.
В чем отличие четвертичной структуры от третичной? Ну кроме того, что тут объединено несколько полипептидных цепей. А вот какое — у олигомерных белков есть не только активный центр, но и другой — аллостерический центр. К этому замку не подойдут лиганды от активного центра, у него есть свои собственные ключики
Это очень важно, нужно запомнить! Господи, я превращаюсь в препода…
Аллостерические центры в четвертичной структуре
Проведем аналогию с нашим домиком, только теперь их будет несколько. У каждого будет по главному и черному входу! Главный вход — активный центр, а черный ход — это аллостерический центр.
Аллострические центры дают кое-что важное — регуляцию. Маленькая молекула, которая соединится с аллостерическим центром может остановить работу целого огромного белка
Круто? Получается, что размер не важен — не удержался.
Но каким образом одна молекула останавливает работу целого белка? Очень просто — хотел бы я так сказать. Присоединение молекулы к мономеру изменяет его конформацию. А это ведет к тому, что мономер изменяет конформацию других мономеров — происходят конформационные изменения всей структуры белка. В результате этих изменений закрывается активный центр — лиганд не может к нему подойти. У всех этих изменений есть, как и всегда, свое название — кооперативный эффект.
Кооперативный эффект
И опять я про дом, если открыть черный ход, то нельзя открыть главный вход, ну и наоборот. Не всегда регуляция работает в таком ключе: черный ход может, наоборот, открывать парадную дверь. Но сейчас это не суть, главное понять смысол. Кстати, на самом деле чаще одна субъединица несет на себе аллостерический центр, а другая активный. Я решил запихнуть все в одну — думаю, что так будет нагляднее.
Кроме этого, присоединение к активному центру также изменяет конформацию остальных мономеров, что приводит к облегченному присоединению лигандов. Хоть на картинке этого и не видно, но поверьте на слово!
Кооперативный эффект
Давайте заканчивать уже со строением.